Última atualização em 5 de janeiro de 2019
Em 2642 d.C., a Terra continua marcada por conflitos alienígenas anteriores à medida que os problemas ambientais crescem além do controle da humanidade. 80% da população do planeta foi completamente devastada por armas hipermagnéticas com defeito durante o desenvolvimento. Bill Rizer, o herói de Alien Wars, foi responsabilizado pelo incidente, bem como por assassinar seu parceiro, Lance Bean, que supostamente tentou detê-lo. Ele foi condenado a 10.000 anos de prisão criogênica. No entanto, cinco anos depois, em 2647, a Terra enfrenta outra ameaça quando a organização terrorista Blood Falcon, liderada por um comandante misterioso e sobre-humano, espalha o pânico sobre o mundo. O atual governo, conhecido como o Triumvirate, decide libertar Bill Rizer antes de completar sua sentença, em vista de seus sucessos anteriores na defesa da Terra, na esperança de neutralizar a Blood Falcon. Lucia, um avançado soldado ciborgue construído pelo governo a partir da pesquisa do Dr. Geo Mandrake, é enviado para acompanhar e auxiliar os esforços de Bill. Bill finalmente descobre que Lance ainda está vivo e é, de fato, o comandante do próprio Blood Falcon. Depois de derrotar Lance, é revelado que os alienígenas dos jogos anteriores atacaram porque o governo secretamente roubou uma misteriosa e poderosa "relíquia" deles. Com essa informação, Bill e Lucia precisam enfrentar o Triumvirate e descobrir o segredo da relíquia alienígena.
Shattered Soldier é jogado inteiramente em 2D a partir de uma perspectiva de visão lateral, mas com gráficos totalmente poligonais, embora alguns segmentos em que o jogador monta uma prancha de snowboard ou uma motocicleta sejam vistos de uma perspectiva frontal ou traseira. Os controles e habilidades são semelhantes aos apresentados em Contra III: The Alien Wars. A principal mudança em Shattered Soldier é a ausência de itens de power-up. Em vez disso, o jogador é equipado com uma das três armas permanentes que podem ser trocadas a qualquer momento. Cada arma tem um tiro automático padrão e uma carga alternativa para um total de seis tipos de tiros. Os tiros padrão são: uma metralhadora automática de fogo rápido (Heavy Machine Gun), um lança-chamas (Flame Whip) e um lançador de granadas (Diver Mines).
Como Contra: Hard Corps, Shattered Soldier tem múltiplos finais. No entanto, o final recebido agora depende do desempenho do jogador, e não do caminho tomado durante o decorrer de um jogo. O jogo introduz um sistema de "taxa de acerto" que mede a quantidade de inimigos destruídos como uma forma de métrica de desempenho. Cada alvo único em cada fase, seja um inimigo real ou um objeto na área destruído, aumenta essa proporção. Uma alta taxa de acerto, juntamente com a minimização de vidas perdidas e continuadas, é essencial para receber as melhores terminações e, consequentemente, desbloquear recursos extras adicionais. O jogador pode repetir as fases previamente concluídas para obter melhores notas antes de prosseguir para a quinta fase (após esse ponto, o jogador deve jogar o restante das fases continuamente).