Última atualização em 15 de setembro de 2020
Dezessete anos se passaram desde os eventos do primeiro jogo, e o bebê que a incubadora deu a Harry Mason no final do primeiro jogo, Heather Mason, agora é uma adolescente. Harry cuidou de Heather para criá-la como sua própria filha. Enquanto fazia uma tarefa para seu pai no Central Square Shopping Center, Heather adormece dentro de um restaurante e sonha com Silent Hill, onde se encontra vagando por um parque de diversões de pesadelo. Depois de lutar contra vários monstros, Heather caminha ao longo dos trilhos da montanha-russa até ser atingida pela montanha-russa. Após o incidente em seu pesadelo, Heather acorda no shopping. Explorando Silent Hill - e seu próprio passado - a garota deve encontrar uma maneira de escapar e acaba descobrindo que faz parte dos planos de um culto da terrível cidade.
A jogabilidade é semelhante aos jogos anteriores: Heather deve resolver quebra-cabeças, coletar itens importantes e lutar contra monstros para sobreviver. Heather está equipada com lanterna e rádio; a lanterna costuma ser a única fonte de luz, e o rádio emite estática quando um inimigo está próximo. Silent Hill 3 tem algumas mecânicas novas. Um novo item da série é o Beef Jerky, que pode ser usado para distrair temporariamente certos demônios. Pela primeira vez na série, o jogador pode morrer caindo em buracos (exceto no modo fácil). Heather também pode ser derrubada no chão por certos monstros.
O combate contra os vários monstros é feito por meio de armas de fogo e corpo-a-corpo. É recomendável contar com armas corpo-a-corpo fortes e rápidas, como a katana, guardando as armas para chefes e inimigos mais fortes. Ao contrário das duas versões anteriores, o rifle de caça é substituído pela metralhadora. Heather também pode bloquear ataques, reduzindo o dano infligido em vez de receber todo o ataque. Silent Hill 3 tem um conjunto de armas desbloqueáveis. O jogador também pode desbloquear várias roupas. Como em Silent Hill 2, os controles de tanque são opcionais; o jogador pode escolher seu esquema de controle preferido. A vibração do controle é usada para indicar os batimentos cardíacos de Heather e irá vibrar com saúde baixa. Ele também vibra quando Heather ataca e está sendo atacada.