Última atualização em 6 de janeiro de 2019
Super Metroid é uma sequência direta de Metroid II: Return of Samus de 1991. Em um grande mundo aberto com áreas ligadas por portas e elevadores, o jogador controla a heroína Samus Aran, que viaja até o planeta fictício Zebes para recuperar um Metroid roubado pelos Space Pirates. Durante sua aventura, Samus encontrará aperfeiçoamentos para sua armadura ao mesmo tempo em que procura os chefes e seu objetivo final, o Metroid. Samus pode correr, saltar, agachar e disparar uma arma em oito direções; ela também pode realizar outras ações, como saltar em wall-jumping de uma parede à outra em rápida sucessão para chegar a áreas mais elevadas. A capacidade "Moon Walk" em homenagem ao movimento da dança popular de mesmo nome, permite que Samus ande para trás, enquanto dispara ou carrega sua arma.
Durante todo o curso do jogo, o jogador coleta power-ups que aumentam o poder de armaduras e armas de Samus, bem como conceder-lhe habilidades especiais, permitindo que Samus possa acessar áreas que anteriormente eram inacessíveis. A Morph Ball permite que Samus se transforme em uma bola, conseguindo rolar em lugares apertados e plantar bombas; o Spring Ball adiciona uma capacidade de saltar na forma de Morph Ball; o Speed Booster pode ser usado para correr em altas velocidades, servindo também para destruir barreiras e inimigos; a Space Jump permite que Samus pule infinitas vezes no ar para cobrir grandes distâncias; o Screw Attack adiciona uma lâmina de energia na forma Space Jump, podendo destruir a maioria dos inimigos e blocos quebráveis; o Grapple Beam pode ser utilizado para balançar trancando um feixe de laser sob o teto e alcançar áreas abertas; e o X-Ray Scope é usado para ver itens escondidos e passagens através de paredes e outras superfícies.
O jogo também apresenta uma série de armas secundárias em que Samus poderá encontrar em sua jornada, tais como os Missiles (Mísseis), que podem ser utilizados para abrir portas vermelhas; os Super Missiles, mísseis mais poderosos que o anterior, em que são utilizados para abrir portas verdes e também vermelhas; e a Power Bomb, uma bomba poderosa em que Samus implanta para criar uma grande explosão, e utilizado para abrir portas amarelas. Super Metroid possui uma tela de inventário, em que o jogador pode ativar e desativar armas e habilidades, combinar armas de Samus, ou repor a sua saúde usando "tanques de energia reservas" adquiridos; quando o modo de saúde é definido como "auto", os tanques de energia reservas são utilizados automaticamente se a saúde de Samus está esgotada. O sistema de salvamento de Metroid II: Return of Samus retornou em Super Metroid, que permite ao jogador salvar e retornar ao jogo em quaisquer pontos de salvamentos espalhados pelo planeta. O jogador também pode salvar o jogo entrando na nave espacial de Samus, que recarrega totalmente sua saúde e munição. Super Metroid possui três finais baseados sobre o tempo necessário para completar o jogo, que determina se Samus posa com ou sem a sua armadura. O melhor final é obtido quando o jogo é completado em menos de três horas.