Última atualização em 27 de outubro de 2019
Os Estados de Goda e Ogawara estão há muito em desacordo. O governo de Ogawara é opressivo e sedento de poder, e Goda deve se proteger e defender a justiça. O conflito está prestes a eclodir entre esses dois Estados, e tudo começa com o assassinato de um oficial corrupto chamado Rokube Echigoya. Como um novo ninja no Clã Azuma, o protagonista é enviado para assassinar aqueles que estão ajudando Ogawara, incluindo generais do exército e espiões que se infiltraram em Gohda, além de recuperar itens roubados e resgatar prisioneiros. Entre frustrar os planos de Ogawara, o protagonista também recebe missões nas quais elimina pessoas más, como monges abusivos e comerciantes gananciosos.
Tenchu Z contém 50 missões com diferentes níveis de dificuldade e objetivos. Os personagens também têm atributos diferentes (que são força, agilidade e saúde) que podem ser alterados para criar um ninja único. Os recursos de edição de personagens do jogo são bastante detalhados, permitindo que o jogador use o ouro obtido tanto no modo single player quanto no multiplayer, para adquirir novos estilos estéticos para seus ninjas, novas habilidades, itens para usar durante missões e diferentes ataques especiais para usar em combate. A jogabilidade é relativamente igual aos jogos anteriores da série. A principal diferença é que, como mencionado acima, os jogadores criam seu próprio personagem e desbloqueiam novas habilidades, itens e roupas para ele à medida que o jogo avança.
Agora, os inimigos podem ouvir os passos do protagonista se ele chegar muito perto deles, e eles também podem ouvir os passos a uma distância maior se o jogador correr em superfícies barulhentas, como uma poça de água. Eles também podem cheirar o protagonista se ele cair em uma fossa (encontrada apenas em algumas missões; depois que o protagonista sai da fossa, uma névoa marrom o cerca, indicando que ele pode ser detectado pelo cheiro de uma certa distância) ou está coberto de sangue de uma luta anterior. Ao contrário dos jogos anteriores, a iluminação também é um fator aqui, pois é menos provável que o protagonista seja visto enquanto está parado ou agachado em uma área escura.